Flora und Fauna
Im Inland Japans finden sich eine Reihe Gebirgsketten, die die Waldgrenze überschreiten, außerdem gehört zu Japan eine größere Zone im Ostpazifik. Verglichen mit der Enge des Lebensraums, gibt es eine Vielzahl von Arten. Durch die Position als vorgelagerte Inselkette hat sich eine zwar mit „Kontinentalasien“ verwandte, aber eigenständige Flora und Fauna entwickelt. Die Ogasawara-Inseln (auch: Bonin-Inseln), 1000 km südöstlich von Tokio, werden wegen ihrer endemischen Spezies oft mit den Galapagosinseln verglichen.
Japan liegt im Schnittpunkt von drei Ökoregionen. Die Hauptinseln und die nahegelegenen Nachbarinseln sind Teil der Paläarktischen Ökozone. Die Ryukyu-Inseln sind Teil der Indomalaiischen Region, während die Ogasawara-Inseln zu Ozeanien gerechnet werden.
Säugetiere
An Großsäugetieren gibt es unter anderem den Braunbär auf Hokkaido, auf Honshu den asiatischen Schwarzbären, Sikahirsche und den japanischen Serau (eine Ziegenantilope). Unter den einheimischen Arten findet sich der Japanmakak, der auf der Shimokita-Halbinsel in der Präfektur Aomori heimisch ist und damit die nördlichste Affenpopulation der Welt bildet.
Die starke Verstädterung an den Küsten und in den japanischen Ebenen hat dazu geführt, dass einige Säugetierarten ausgestorben sind, so der Honshu-Wolf (Canis lupus hodophilax), der japanische Seelöwe (Zalophus californianus japonicus), der Seeotter und der Fischotter. Hunde und Katzen gibt es in Japan in einer breiten Auswahl an Rassen. Als typisch japanische Hunderasse wird der Shiba Inu angesehen.
Vögel
In Japan sind über 500 verschiedene Vogelarten gesichtet worden. Da die Inselgruppe in jeder Richtung von Meer umgeben ist, gehört eine Vielzahl davon zum Wassergeflügel. Von Nord nach Süd ist Japan eine wichtige Zwischenstation für Zugvögel. In Sibirien brütende Vögel finden hier ihr Winterquartier, während die in Japan brütenden Vögel im Winter in Richtung Südostasien ziehen. Auf diese Art findet eine Vielzahl von Vogelarten ihren Weg nach Japan. In den Städten finden sich Krähen (besonders die Aaskrähe), Spatzen, Tauben und Rauchschwalben. Nationalvogel ist der Buntfasan. Der Nipponibis ist in Japan in freier Wildbahn ausgestorben. Allerdings leben immer noch einige hundert in einem Schutz- und Aufzuchtszentrum auf Sado sowie in freier Wildbahn in der Shaanxi-Provinz in China.
Fische
Die japanischen Küstengewässer sind von kalten und warmen Meeresströmungen durchzogen, die an ihren Berührungslinien gute Wachstumsbedingungen für Plankton bieten. Das Land liegt an einer Belastungskante der Lithosphäre, durch deren Verschiebungen sich eine zerklüftete Küstenlinie gebildet hat. Dadurch bietet sich ein guter Lebensraum für eine Vielzahl von Fischarten. Die Gewässer vor der Sanriku-Küste (Präfekturen Miyagi und Iwate) und die nördlich anschließenden Meeresgebiete bis zu den Kurilen sind einer der drei reichsten Fischgründe in der Welt. In den Flüssen gibt es eine reichhaltige Zahl von Fischarten, begünstigt durch das regenreiche Klima. In den Brackwassergebieten der Flussmündungen gibt es eine Vielzahl von Muscheln. Problematisch ist die Gewässerverschmutzung und die Betonierung der Flussbetten, die zu einem Aussterben zahlreicher Arten geführt hat. In den Siebzigern gab es eine starke Umweltbewegung, die erste Erfolge dagegen verbuchen konnte.
Flora
Japan ist zu großen Teilen von Bergwäldern bedeckt. Eine Vielzahl der einheimischen Arten ist auf diese Umgebung spezialisiert.
Kulturpflanzen
Wichtigste Kulturpflanze in Japan ist der aus Korea eingeführte Reis, genau genommen Oryza sativa japonica (Kurzkornreis). Das Stroh wird für die Herstellung von Tatami verwendet. Historisches Arme-Leute-Essen ist die Hirse, da der Reis als Steuer entrichtet werden musste. Ebenfalls angebaut werden verschiedene Bohnensorten, unter anderem die Adzukibohne, und eine Reihe von Gemüsen, darunter Ingwer, Rettich und Spinat. Heimisch sind außerdem verschiedene Zitruspflanzen wie die Amanatsu, darüber hinaus wurde eine Reihe von Obst- und Gemüsesorten eingeführt. Zur traditionellen Küche gehören außerdem Seetang (beispielsweise Nori) und Meeresalgen (Wakame). Traditionelle japanische Häuser werden unter anderem aus dem Holz der Sicheltanne gebaut. Von nationaler Bedeutung sind die Teepflanze und verschiedene Binsenarten zur Herstellung der Tatami-Matten (Flatterbinse und Dochtbinse).
