Flora
Da Deutschland in der gemässigten Klimazone liegt, ist seine Flora von Laub- und Nadelwäldern geprägt. Eine einzigartige Ausnahme zu dieser recht einheitlichen Flora bildet die Lüneburger Heide. Die Laubwälder bestehen meist aus Rotbuchen, daneben sind die heute selten gewordenen Auwälder im Bereich der Flüsse und Seen und Eichen-Buchen-Mischwälder typisch. Der Pionierwald wird, besonders auf sandigen Flächen, vor allem von Birken und Kiefern gebildet. Allerdings werden die früher sehr verbreiteten Laubwälder mittlerweile oft durch Fichtenholzforste ersetzt.
Ohne menschlichen Einfluss würde die Vegetation in Deutschland wie in den meisten Ländern der gemässigten Breiten auch hauptsächlich aus Wald bestehen. Derzeit sind 31 % der Staatsfläche bewaldet, damit ist Deutschland eines der waldreichsten Länder in der EU, wobei die Baumarten im Wesentlichen durch die angestrebte Nutzung bedingt sind, d. h. der Anteil an Fichten- und Kiefernwäldern entspricht nicht den natürlichen Gegebenheiten, nach denen Buchenmischwälder vorherrschen sollten. Neben den natürlich vorkommenden Pflanzen spielen heute eine Reihe von eingeführten Arten wie die Robinie eine zunehmende Rolle in der Vegetation. Der grösste Anteil des unbebauten Landes dient der Erzeugung von Nutzpflanzen. Dies sind überwiegend Getreide (Gerste, Hafer, Roggen und Weizen), die Kartoffel und der Mais, die aus Amerika eingeführt wurden, der Apfelbaum, sowie zunehmend Raps. In den Flusstälern, u. a. von Mosel, Ahr und Rhein wurde die Landschaft für den Weinanbau umgestaltet.
Fauna
Die meisten in Deutschland heimischen Tiere leben in den gemässigten Laubwäldern. Im Wald leben unter vielen anderen Arten verschiedene Marderarten, Dam- und Rothirsche, Rehe, Wildschweine sowie Füchse. Biber und Otter sind seltener gewordene Bewohner der Flussauen, mit teilweise wieder steigenden Beständen. Andere ehemals in Mitteleuropa lebende Grosssäuger wurden ausgerottet: Auerochse (1846), Braunbär (19. Jahrhundert), Elch (im Mittelalter noch zahlreich), Wildpferd (19. Jahrhundert), Wisent (17./18. Jahrhundert), Wolf (1904). In neuerer Zeit wandern gelegentlich einige Elche und Wölfe aus Polen und Tschechien ein, deren Bestände sich dort wieder vermehren konnten. Speziell im Fall von Wolf und Braunbär ist die Wiederansiedelung jedoch problematisch aufgrund des schlechten Rufs der Tiere.
Vom Wappenvogel Deutschlands, dem Seeadler, gibt es derzeit wieder ca. 500 Paare, vor allem in Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg. Der Steinadler kommt nur noch in den Bayerischen Alpen vor, der ehemals dort heimische Bartgeier wurde ausgerottet. Die häufigsten Greifvögel in Deutschland sind derzeit Mäusebussard und Turmfalke, dagegen ist der Bestand an Wanderfalken deutlich geringer. Dem gegenüber steht eine Vielzahl von Vögeln, die als Kulturfolger von der Anwesenheit des Menschen profitieren, insbesondere die in vielen Städten lebenden Stadttauben, bei denen es sich um verwilderte Haustauben handelt, Amseln (frühere Waldvögel), Spatzen und Meisen, für deren Überleben auch die Winterfutter-Industrie sorgt, sowie Krähen und Möwen auf Müllkippen. Eine Besonderheit ist die weltweit nördlichste Flamingo-Kolonie im Zwillbrocker Venn. Während sich die in Gärten und Parks anzutreffende Türkentaube seit den 1930er Jahren selbständig nach Mitteleuropa ausbreitete, wurde der bei Jägern beliebte Jagdfasan von den Römern eingebürgert.
Der früher in den Flüssen häufig vorkommende Lachs wurde im Zuge der Industrialisierung im 19. Jahrhundert weitgehend ausgerottet, konnte aber in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts im Rhein wieder angesiedelt werden. Der letzte Stör wurde 1969 in Deutschland gefangen. In vielen Teichen werden die erst von den Römern eingeführten Karpfen gehalten.
Der an der Nord- und Ostseeküste lebende Seehund wurde zeitweise nahezu ausgerottet, mittlerweile gibt es im Wattenmeer wieder einige tausend Exemplare. Das Wattenmeer ist insbesondere im Winter Rastplatz für Vögel aus den nördlichen Breiten.
Zu den lange heimischen Tieren hat sich eine beachtliche Anzahl an Neozoen angesiedelt. Zu den bekanntesten Vertretern gehören Waschbär, Marderhund und Halsbandsittich.
